Проблема в том, что источников трафика на сайт — море.

Есть партнеры, которые работают на директе, а есть те, которые просто ставят баннер на свой сайт и гонят трафик.

В общей сумме трафика дофига, а продаж от него не очень.

И как тут считать общую конверсию? Я попробовал как-то, и получилось очень маленькое значение.

Ну и ничего это не обозначает на самом деле, потому что конверсия через баннер одна, через директ другая, а через рассылку вообще третья, в несколько раз выше, чем через все остальные источники.

Какую Вы хотите узнать?

Для этого нужно несколько независимых каналов продаж. Проще всего, если того допускают правила партнёрки, зарегистрироваться несколько раз под логинами login1, login2 и т.д. и с каждой объявы направлять на свою ссылку.

Тогда останется только сравнивать каналы и смотреть, по какому объявлению заработано больше.